Что такое био линукс

Вышел Bio-Linux 8

Спустя два года, тихо и незаметно вышла очередная версия NEBC Bio-Linux 8 — специализированного дистрибутива для биоинформатических исследований. Данный релиз основывается на Ubuntu 14.04 и имеет следующие отличия от прошлой версии.

• Обновление до актуальных версий «джентльменского набора» биоинформатических утилит, таких как QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и т. д.
• Обновление множества пакетов R, включая ggplot2, DESeq и edgeR. Разумеется, обновлен Bioconductor и сотни пакетов, доступных через C2D4U.
• Добавлены шаблоны для использования из VMWare/VirtualBox.
• Замена NX более гибкой, быстрой и безопасной системой удаленного рабочего стола x2go.
• Включен MATE как более «легкая» альтернатива Unity.
• Более «работоспособное» пакетирование Galaxy, облачной платформы для биоинформатиков.
• И, разумеется, новые нескучные обои.

Как и более ранние версии, Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu.

«легкая» альтернатива
«работоспособное» пакетирование

нужно больше кавычек!

посмтрим что там у них есть чего нельзя сделать в арче.

русские ученые выбирают убунту!

Как и более ранние версии, Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu.

о. начали делать норм. дистрибы.

Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu

Вот это здравый подход.

Компилятор ДНК в белки из коробки есть?

С драйверами проблема, спеки неполные. Производитель на запросы не отвечает уже две тысячи лет.

Но ведь успехи в реверс-инжиниринге значительны?

Производитель, как утверждают, таки отвечает, но всё намёками.

А на нем запустится Resident Evil 1-3?

Ну это довольно сильный оффтоп, с сабжем связано не больше чем радиогубительство с программированием. Для прямой трансляции РНК в белок есть скажем бесклеточные системы (клетки пшеницы или бактерии нежно рушатся, чтобы особо не пострадали рибосомы, потом экстракт чистится и используется для синтеза белка по имеющейся РНК). Но это очень трудоемкая работа и требующая очень прямых рук, поэтому прибегают к ней либо когда никаким другим способом получить не удается (количества получаемого белка можешь себе представить, нанограммы в буквальном смысле), либо когда например требуется получить белок, меченный изотопами (например для ЯМР), ибо изотопы дорогие, и не нужно чтобы бактерия их ЖРАТ. Разумеется, никаких компов, все управление добавлением буферных растворов ручками (или роботом, если деньги девать некуда).

Если на бубунте запустится, то почему бы нет?

Харэ уже выбирать, работать пора.

Ну не всем же генту собирать и арч переустанавливать. Некоторым и работать нужно.

Обновление множества пакетов R, включая ggplot2, DESeq и edgeR.

Очень нужно, ведь каждый знает, что самый быстрый и удобный способ обновления пакетов в R — посредством обновления дистрибутива. Тоже вот с нетерпением жду OS X 10.10, может и у меня ggplot2 обновится? 🙂

Если пакеты тянут за собой гнутые утилиты то это самый правильный способ. Обновлять через R никто не мешает. Короче, завидуй молча.

А на нем запустится Resident Evil

T-Virus не нужен. Есть Эбола.

Дада, я помню из опыта использования R под линуксом, что он их там еще и компилирует на месте. Со всеми последствиями — то этот не собрался, то тот. Завидую изо всех сил — ведь под виндой и макосью они просто ставятся пакетами и нет никаких отмазок, чтобы не работать, гыгы.

РАН уничтожили же. Негде работать.

Удваиваю. Не то, что стимОСы всякие.

это и отличает нормальный дистрибутив от болденоса. в случаях, конечно, когда цель проекта в изменении дефолтной поставки

Уничтожайте что-нибудь другое.

За n лет пользования R таких проблем не возникало. Может у Вас руки кривые?

Зачем,Ты, Дениска променял папин ноутбук, с виндой и танками? Мама,Он живой и светится:)

он скорее всего поверх «дистрибутивного R» пытается ставить, тогда оно действительно просит постоянно всё зависимое «устаревшее» пересобрать

PS но можно (по моему) просто попросить всё скопом пересобрать с зависимостями

Я не понимаю, почему он не ставит тупо все пакетами, как в винде и макоси. И зачем некоторые пакеты тащат в репы, хотя cran — небом и землей прописанное для них место. Какая то, простите, каша и даже помойка. Пакет хоть как быстрее обновится там, чем пробежит дорогу через традиционно ленивого мейнтейнера.

1 в данном случае «он» это «ты» 🙂 но этого все равно не хватает, что бы высказывание было логически корректным 🙂

2 «в там где всё в пакетах» просто нет среды сборки (исходников-заголовков библиотек использованных в конкретных пакетах cran), поэтому их «собирают»

R packages are primarily distributed as _source_ packages, but
_binary_ packages (a packaging up of the installed package) are also supported, and the type most commonly used on Windows and from the CRAN distribution for OS X. This function can install either type where supported, either by downloading a file from a repository or from a local file. The default type is given by ‘getOption(«pkgType»)’: this defaults to ‘«source»’ apart from under Windows or a CRAN binary distribution for OS X.

Источник

Bio-Linux 8 — Linux-дистрибутив для биоинформатиков

Новый релиз Bio-Linux 8 на базе Ubuntu 14.04, по словам создателей, служит идеальной системой для научной обработки и анализа биологических данных.

Гораздо чаще встречаются специализированные дистрибутивы GNU/Linux, решающие какую-то техническую задачу: обеспечивающие анонимность, позволяющие провести аудит безопасности, разного рода шлюзы, компактные версии с набором утилит. Или решающие пользовательскую задачу: игровая сборка, для работы с мультимедиа, для разворачивания HTPC и т.д. На их фоне выделяется Bio-Linux 8 — он предназначен для исследователей в области биоинформатики и предоставляет платформу для разворачивания биоинформатических рабочих станций.

Bio-Linux 8 позволяет исследователям хранить, управлять и анализировать данные в специализированном программном обеспечении. Дистрибутив построен на последней LTS-версии Ubuntu и использует графическое окружение MATE. Другие особенности дистрибутива:

• обновлённые версии ключевых приложений для биоинформатики: QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и многих других;
• обновление множества пакетов для языка R: ggplot2, DESeq и edgeR, а также Bioconductor и тысячи других пакетов;
• заранее подготовленный шаблоны для использования в VMWare/VirtualBox;
• улучшена интеграция с проектом Galaxy.

В частности, дистрибутив поддерживает и развивает Гарвардская школа общественного здравоохранения. Более подробная информация о Bio-Linux 8 размещена на сайте, где разработчики обещают бесплатного котёнка за каждое скачивание дистрибутива.

Источник

Bio-Linux 8 — Linux-дистрибутив для биоинформатиков

Новый релиз Bio-Linux 8 на базе Ubuntu 14.04, по словам создателей, служит идеальной системой для научной обработки и анализа биологических данных.

Гораздо чаще встречаются специализированные дистрибутивы GNU/Linux, решающие какую-то техническую задачу: обеспечивающие анонимность, позволяющие провести аудит безопасности, разного рода шлюзы, компактные версии с набором утилит. Или решающие пользовательскую задачу: игровая сборка, для работы с мультимедиа, для разворачивания HTPC и т.д. На их фоне выделяется Bio-Linux 8 — он предназначен для исследователей в области биоинформатики и предоставляет платформу для разворачивания биоинформатических рабочих станций.

Bio-Linux 8 позволяет исследователям хранить, управлять и анализировать данные в специализированном программном обеспечении. Дистрибутив построен на последней LTS-версии Ubuntu и использует графическое окружение MATE. Другие особенности дистрибутива:

• обновлённые версии ключевых приложений для биоинформатики: QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и многих других;
• обновление множества пакетов для языка R: ggplot2, DESeq и edgeR, а также Bioconductor и тысячи других пакетов;
• заранее подготовленный шаблоны для использования в VMWare/VirtualBox;
• улучшена интеграция с проектом Galaxy.

В частности, дистрибутив поддерживает и развивает Гарвардская школа общественного здравоохранения. Более подробная информация о Bio-Linux 8 размещена на сайте, где разработчики обещают бесплатного котёнка за каждое скачивание дистрибутива.

Cloud 9 IDE на JavaScript работает в Ubuntu с использованием Docker

Компания Canonical решила не уступать конкурентам* и добавила приложение для управления контейнерами Linux в своё серверное решение.

Docker полностью интегрирован в Ubuntu Server 14.04 LTS и доступен для установки с использованием команды apt-get. В качестве наглядного примера возможностей по использованию Docker в Ubuntu приведёна свободная и облачная интегрированная среда разработки Cloud 9 IDE, которая недавно обновилась. Среда Cloud 9 написана на JavaScript, использует node.js для серверной части, её исходный код доступен на GitHub. IDE поддерживает множество различных языков программирования.

Использование Docker в IDE заключается в том, что среда разработки позволяет запускать так называемые «рабочие пространства» (workspaces) в контейнерах. Разработчик может выбрать такое пространство среди предварительно настроенных, в число которых входят node.js, HTML5, WordPress, PHP, Python, Rails, C/C++, StrongLoop, или создать своё собственное. Отдельное терминальное окно позволяет получить sudo-доступ к запущенному контейнеру и произвести ручную настройку — например, заменить установленные по умолчанию Apache и MySQL.

Red Hat намерена стандартизировать Linux для 64-битных ARM-серверов

Компания Red Hat разработала версию операционной системы GNU/Linux, которую можно использовать для тестирования чипов и сопутствующего оборудования на базе ARMv8-A — 64-битной архитектуры ARM для серверов — с целью стандартизировать этот рынок.

Компания ARM не занимается производством процессоров, а лишь продаёт дизайн чипов производителям. Возникает ситуация, когда для работы на процессорах от разных производителей могут потребоваться разные версии ОС. Подобная участь постигла операционную систему UNIX от AT&T, которая была фрагментирована на несколько не совместимых между собой частей. Именно на решение этой проблемы нацелена компания Red Hat.

Созданный дистрибутив основывается на RHEL, но в компании его так не называют и поддержку для него не оказывают. Однако он полностью реализует спецификации ARMv8-A и нацелен на потенциальных партнёров по производству оборудования на базе ARM. В компании надеются, что стандартная реализация позволит клиентам быть уверенными в том, что их программное обеспечение будет работать на сервере ARMv8-A, приобретённом у любого производителя.

Источник

5 лучших научных дистрибутивов Linux

Время для популярной викторины: что такое научные дистрибутивы Linux?

Ответ довольно очевиден: хотя большинство дистрибутивов Linux являются универсальными, некоторые специализированные поставляются в комплекте с определенными типами программного обеспечения. Например, есть дистрибутивы медиацентра

те, которые превращают ваш компьютер в мультимедийную студию производства, и даже несколько религиозных дистрибутивов

, Зная это, вас не должно удивлять существование научных дистрибутивов Linux. Ведь история Linux

началось в исследовательских лабораториях, и сегодня Linux работает на серверах

и рабочие места крупнейших исследовательских организаций мира.

Проще говоря, научные дистрибутивы предлагают предустановленное программное обеспечение для различных исследовательских целей. Конечно, вы можете превратить вашу обычную Ubuntu в научный дистрибутив, установив те же приложения, но суть таких дистрибутивов заключается в том, чтобы избежать охоты на отдельные приложения. Вместо этого они предоставляют быстрый способ развертывания Linux в исследовательских учреждениях, учебных заведениях и на персональных компьютерах студентов и любознательных пользователей. Если вы среди последних, вот пять великих научных дистрибутивов для рассмотрения.

1. Био-Linux

Этот зеленый дистрибутив предназначен для ученых, которые работают в области биоинформатики — междисциплинарной области, которая сочетает молекулярную биологию и генетику со статистикой и методами анализа из компьютерных наук. Разработанный в британском Центре Синтеза Окружающей Среды, Bio-Linux поддерживается и финансируется Центром Экологии Совет по гидрологии (CEH) и исследованиям окружающей среды (NERC).

Это дистрибутив на основе Ubuntu, доступный только для 64-битных систем, и он предлагает две среды рабочего стола: Unity по умолчанию и MATE в качестве легкой альтернативы

, Последняя версия (8.0.5) гарантирует долгосрочную поддержку благодаря ядру Ubuntu 14.04. Bio-Linux 8 содержит буквально сотни инструментов биоинформатики, как командной строки, так и графических. Чтобы помочь вам начать, Bio-Linux предлагает руководство в формате PDF.

Основные характеристики программного обеспечения: Артемида, программа просмотра последовательности ДНК и приложение для аннотаций; Galaxy, основанная на браузере биомедицинская исследовательская платформа; Fasta, для поиска в базе данных ДНК и белков; Мескит, для эволюционной биологии; njplot, для рисования филогенетических деревьев, и Rasmol, для визуализации макромолекул. Если вы хотите установить пакеты из Bio-Linux в вашей системе на основе Ubuntu, вы можете просто добавить их репозитории.

Bio-Linux доступен бесплатно в виде живого образа и файла OVA, если вы хотите запустить его в VirtualBox.

Альтернатива: BioSLAX, научное распространение на основе Slackware, сфокусированное на биоинформатике и разработанное в Национальном университете Сингапура.

2. Посейдон Линукс

Как и Bio-Linux, Poseidon Linux также имеет цветовую схему: нежные голубые тона, которые соответствуют его морскому названию. Брендинг был вдохновлен океанологами, которые работают над проектом, но Poseidon Linux не только для одной отрасли науки. Вместо этого он предлагает широкий спектр инструментов, от 2D и 3D визуализации, генетики и приложений для программирования до поддержки статистики, численного моделирования и картографии.

Poseidon Linux является результатом трансатлантического сотрудничества между Федеральным университетом Рио-Гранде в Бразилии и Институтом MARUM в Германии. Текущая стабильная версия (4.0) отстает от времени, поскольку она основана на Ubuntu 10.04. Тем не менее, Poseidon 5.0 находится в разработке и обещает долгосрочную поддержку (опираясь на Ubuntu 12.04) и Unity в качестве среды рабочего стола по умолчанию — долгожданное обновление со старой версии GNOME 2.30, которая поставляется с Poseidon 4.0.

Основные характеристики программного обеспечения: Лабораторный график, для интерактивного построения графиков и анализа данных; QCAD, для 2D-рисования; Blender для 3D-моделирования и QGIS, полная географическая информационная система.

Вы можете бесплатно скачать Poseidon Linux в 32- и 64-разрядных версиях.

Альтернатива: Если вам нужны только инструменты географии и картографии, попробуйте OSGeo, основанный на Lubuntu продукт Open Source Geospatial Foundation.

3. CAElinux

Подсказка в названии: CAE означает автоматизированное проектирование, и этот научный дистрибутив идеально подходит для всех, кто работает с САПР, моделированием, прототипированием, 3D-печатью и физическим моделированием. Разработанный в Швейцарии, CAElinux основан на Xubuntu 12.04 и требует 64-битной системы. Он не предлагает никаких вариантов рабочего стола, кроме Xfce, но его выбор программного обеспечения впечатляет.

Основные характеристики программного обеспечения: Саломе, для 3D CAD и создания сетки; GMSH, для моделирования геометрии; Scilab, для математического программирования; Paraview, для 3D визуализации; ImageJ, для обработки и анализа изображений, и Элмер, для сложных физических моделей.

CAElinux доступен в виде образа Live DVD бесплатно, или вы можете заказать физическую копию по доступной цене.

Альтернатива: Если вам не нужно все передовое программное обеспечение для проектирования и вам нужны инструменты для 3D-моделирования и анимации, попробуйте ArtistX, который мы подробно рассмотрели

4. Научный Linux

После всех этих * основанных на Buntu дистрибутивов Scientific Linux — настоящий комбо-разрушитель: это перестройка Red Hat Enterprise Linux. Последняя версия (7.1, под кодовым названием Nitrogen) вышла совсем недавно, в трех вариантах — KDE, GNOME и IceWM

— только для 64-битных систем. Однако его база — не единственное, что выделяет Scientific Linux. В отличие от других дистрибутивов, которые переполнены научным программным обеспечением, Scientific Linux предлагает только базовый набор приложений. Какой подлый, вводящий в заблуждение дистрибутив!

Ну не совсем. Scientific Linux, по сути, разработан учеными из Национальной ускорительной лаборатории Ферми и Европейской организации ядерных исследований (CERN). Хотя по умолчанию он не предлагает много научных приложений, в репозиториях доступны десятки. Благодаря встроенной поддержке кодеков и беспроводной связи Scientific Linux является отличным выбором для научной среды, в которой все должно функционировать без особых усилий. Пользователи могут устанавливать только то программное обеспечение, которое им нужно, поэтому их система не будет перегружена приложениями, которые они даже никогда не откроют.

Основные характеристики программного обеспечения: PostgreSQL и MySQL, для баз данных и разработки приложений; Текстовый редактор GNU Emacs; R язык программирования; Frysk, для системного анализа и мониторинга, и gnuplot, для построения математических выражений. (Обратите внимание, что некоторые из этих приложений не будут установлены по умолчанию, но вы можете получить их из репозиториев.)

Scientific Linux можно загрузить как образ живого DVD.

Альтернатива: Разработчики Scientific Linux поощряют создание «спинов» или сборок на основе своего проекта. Одним из таких дистрибутивов является Fermi Linux; хороший, ориентированный на безопасность вариант для тех, кто хочет запускать Scientific Linux в 32-битной системе.

5. Fedora Scientific

Этот выпуск Fedora представляет собой золотую середину между узкоспециализированным и обычным дистрибутивом Linux. Как таковой, он отлично подходит для исследователей и студентов всех научных специальностей, хотя он слегка склоняется в пользу численных исследований. Среда рабочего стола по умолчанию — KDE, а Fedora Scientific доступна как для 32-разрядных, так и для 64-разрядных архитектур. Он разработан Amit Saha при поддержке Fedora Science and Technology SIG. Красивая онлайн-документация познакомит вас с Fedora Scientific и проведет вас через выбор программного обеспечения.

Основные характеристики программного обеспечения: Максима, полный набор алгебры; LaTeX, для создания документов и презентаций; Mayavi, для 3D-визуализации данных и контроля версий

trifecta: мерзавец, Mercurial и Subversion.

Вы можете скачать Fedora Scientific Live DVD либо через прямую загрузку, либо через торрент.

Альтернатива: Если вы ищете удобный научный дистрибутив, посвященный математике, Mathbuntu — прекрасная замена Fedora Scientific. Он доступен в виде отдельного дистрибутива или набора пакетов для текущей установки Ubuntu.

Независимо от того, в какой области науки вы заинтересованы, вы сможете выбрать подходящий дистрибутив из этого списка. Теперь вернемся к этой популярной викторине.какой ваш любимый научный дистрибутив Linux? Можете ли вы назвать другие подобные дистрибутивы, которые заслуживают места в этом списке? Сделайте свою домашнюю работу и поделитесь своими рекомендациями в комментариях.

Кредиты изображений: Главное изображение, стена мониторинга на базе Nagios в NOC через Flickr от Docklandsboy, скриншот Poseidon, скриншот CAElinux, Scientific Linux через Wikimedia Commons, скриншот Fedora Scientific.

Источник