Orthanc pacs ��������� linux

Download

Orthanc is free and open-source software. Its source code is freely available to the benefit of hospitals, healthcare professionals, researchers and patients.

Latest core

Other

Packages

Mailing List

To be warned after each new release of Orthanc, please follow the Orthanc Users discussion group.

Licensing

Orthanc originates from SГ©bastien Jodogne’s research work at the University Hospital of LiГЁge (Belgium), in the Department of Medical Physics. Orthanc is now primarily developed and maintained by Osimis S.A., spin-off company of the University Hospital of LiГЁge.

The source code of the Orthanc server is jointly copyrighted by the University Hospital of LiГЁge and Osimis S.A. under the GPLv3 license, with the OpenSSL exception. Please pay attention to the fact that Orthanc plugins and viewers may be released under the more restrictive AGPLv3 license.

If the GPL or the AGPL license is too restrictive for your usage, you can buy a license exception by contacting Osimis.

Full information about the licensing of the Orthanc ecosystem is available in the Orthanc Book.

Citing Orthanc

We kindly ask scientific works and clinical studies that make use of Orthanc to cite Orthanc in their associated publications. Similarly, we ask open-source and closed-source products that make use of Orthanc to warn us about this use. You can cite our work using the following BibTeX entry:

This paper is available for download in open-access courtesy of the Journal of Digital Imaging.

Источник

Как установить orthanc в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки orthanc в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал :

Подробная информация о пакете:

Легкий, RESTful сервер DICOM для медицинской визуализации

Зависимости:

Добавлять и удалять пользователей и группы

Утилиты командной строки OFFIS DICOM Toolkit

Операции с файловой системой (переносные пути, итерация по каталогам и т.д.) в C++

Возможности C++ для локализации

Библиотека регулярных выражений для C++

Библиотека операционной системы (например, поддержка диагностики)

Портативный многопоточный C++

Библиотека GNU C: общие библиотеки

Простая в использовании клиентская библиотека передачи URL-адресов (вкус OpenSSL)

Библиотеки времени выполнения ОИСИС DICOM

Библиотека поддержки GCC

Независимая библиотека JPEG в формате JPEG (пакет зависимостей)

Библиотека для чтения и записи JSON для C++

Общая библиотека для интерпретатора Lua версии 5.1

Библиотека PNG — время выполнения (версия 1.6)

Легкая библиотека обработки XML C++

Общая библиотека SQLite 3

Инструментарий Secure Sockets Layer — общие библиотеки

Стандартная библиотека GNU GNU v3

Универсальная уникальная библиотека ID

Библиотека GNU C: данные национального языка (локали) [поддержка]

Функциональность базового сценария Linux Standard Base

Источник

Установка DICOM сервера Orthanc на Ubuntu Server 16.04

Вы наверное знакомы с преимуществами DICOM / PACS сервера ORTHANC или только хотите познакомиться с данной системой. Тогда это краткое руководство должно Вам помочь. Как и любой другой сервер, что бы избежать технических проблем и необходимости дорогостоящего лицензирования, Orthanc желательно разместить на надёжной и бесплатной ОС Ubuntu. Установка DICOM сервера Orthanc на Ubuntu Server 16.04 в отличие от установки на Ubuntu 14 довольно проста, т.к. Orthanc последней на сегодня версии (1.0.0) имеется в реппозитории этой операционной системы.

В моём примере DICOM сервер Orthanc устанавливается на тестовый неттоп (FOXCON nT-A3550 4Гб ОЗУ, 64Гб SSD), практика показывает, что если Вам не критична надёжность хранения медицинских изображений на одном HDD или SSD, то производительности этой маленькой коробочки более чем хватает для обслуживания пары-тройки единиц оборудования (КТ, МРТ, рентген, УЗИ и т.п.), при этом он способен без существенных задержек отображать исследования в WebViewer’е на одной — двух рабочих станциях врачей (при работе с SSD!). Однако для построения надёжной системы, всё же лучше позаботиться о надёжности хранения данных и предусмотреть зеркальный RAID массив для хранилища.

Для рабочего PACS сервера крайне желательно устанавливать Orthanc версии 1.0.0, как более функциональную и стабильную, нежели предыдущие версии. Немного повторяясь скажу, что в отличие от Ubuntu 14.04 в 16.04 нет необходимости компилировать Orthanc из исходников и можно установить версию 1.0.0 прямо из реппозитория, выполнив в консоли команду:

Зависимости при установке orthanc: dcmtk libboost-filesystem1.58.0 libboost-locale1.58.0 libboost-regex1.58.0 libboost-system1.58.0 libboost-thread1.58.0 libcharls1 libcurl3 libdcmtk5 libjbig0 libjpeg-turbo8 libjpeg8 libjsoncpp1 liblua5.1-0 libpugixml1v5 libtiff5 orthanc

Надеюсь в процессе установки у Вас не возникло трудностей. Вот так выглядит нормальный ход установки в консоли: Процесс установки Orthanc (лог консоли)

Можно выполнить перезапуск процесса в консоли, но я предпочитаю перезагружать сервер. В дальнейшем Orthanc автоматически запускает свой процесс при загрузке системы.

Главным конфигурационным файлом DICOM / PACS сервера ORTHANC является orthanc.json, расположенный в /etc/orthanc/, через этот файл мы и будем настраивать работу нашего DICOM сервера.

Пример файла конфигурации DICOM PACS сервера Orthanc (с моим переводом комментариев значений на русский язык): orthanc.json

После настройки перезапускаем процесс:

Или перезагружаем систему целиком.

После этого проверим лог (/var/log/orthanc/) и убедимся, что Orthanc запущен и работает без ошибок.
Пример лога при успешной загрузке процесса Orthanc: Orthanc.log

Проверим работоспособность сервера, открыв страницу Orthanc Explorer в браузере:

На этом установка DICOM / PACS сервера Orthanc завершена!

Буду признателен отзывам, обсуждениям и советам в комментариях.

Источник

Orthanc бесплатный DICOM / PACS сервер для Windows и Linux

На днях закончил внедрение DICOM / PACS-сервера в одном Московском медицинском центре, эта задача для меня была совершенно новая и на её решение ушло пару недель времени. К моему сожалению опыт показал, что знания в области медицинских технологий в нашей стране взять просто неоткуда и практика это показала. Но не будем о грустном и перейдём ближе к делу. Клиника закупила магнитно-резонансный томограф, в связи с чем возникла необходимость организовать передачу и хранение медицинских изображений, получаемых при обследовании пациентов. Как многим уже известно, современная медицинская техника общается с внешними устройствами по стандартизированному протоколу DICOM, а для того, что бы наладить работу медицинской информационной системы желательно обзавестись DICOM / PACS сервером.

Так что же нам нужно для построения системы передачи и архивации медицинских изображений? DICOM-сервер или PACS-сервер? Этот вопрос наверняка задаст себе каждый, кто впервые сталкивается с ИТ в медицине. Вот что говорит на этот счёт Википедия:

PACS ( Picture Archiving and Communication System ) — система передачи и архивации медицинских изображений в формате DICOM, предполагают создание специальных удаленных архивов на DICOM серверах-ах, где весьма объемный архив может длительное время существовать в «горячем» виде и быть быстро доступным для поиска и просмотра интересующей информации по DICOM сети.

DICOM ( Digital Imaging and Communications in Medicine ) — отраслевой стандарт создания, хранения, передачи и визуализации медицинских изображений и документов обследованных пациентов.

Вы наверняка часто будете видеть в интернете использование той или иной аббревиатуры, хотя речь скорее всего будет идти об одной и той же по функциям системе.

Мир софта для DICOM серверов просто впечатляет разнообразием решений, есть дорогие и сложные громадины из разряда Enterprise, есть масса платных DICOM/PACS-серверов малого и среднего уровня, но наиболее популярные и массовые это бесплатные и Open-Source проекты.

Для реализации DICOM сервера я решил остановиться на Open-Source. Список основных и наиболее известных бесплатных PACS / DICOM серверов:

— Dcm4che
— Conquest DICOM software
— ClearCanvas
— DICoogle
— CDMEDIC PACS WEB
— Orthanc

Я «сломал» голову и потратил уйму времени, что бы определиться какая из них лучше и какую выбрать для создания своего первого DICOM-сервера.
Основа выбора от части была в определении платформы, делать сервер на Windows совсем не хотелось, душа больше лежала к Linux. Второй и немаловажный аспект это наличие и объём полезной информации в русскоязычных сообществах, т.к. на этапе знакомства с DICOM не очень то хотелось тратить силы на перевод иностранных и вовсе не прозаических текстов. Третьим и не менее важным моментом конечно же является функционал системы, а так же простота установки, конфигурирования и использования.

Orthanc направлен на предоставление простой, но мощный автономный сервер DICOM. Он предназначен для улучшения потоков DICOM в больницах и поддержки исследований о автоматизированного анализа медицинских изображений. Orthanc позволяет его пользователям сосредоточиться на содержание файлов DICOM, скрывая сложность формата DICOM и протокола DICOM.

Orthanc может превратить любой компьютер с операционной системой Windows, Linux или OS X в магазин DICOM (другими словами, система мини-PACS). Его архитектура является легким и автономным, это означает, что никакого комплекса управления базами данных не требуется, ни установка зависимостей сторонних.

Что делает Ортханк уникальным является тот факт, что она обеспечивает RESTful API. Благодаря этому главной особенностью, можно ездить Ортханка из любого языка программирования. В DICOM теги сохраненных медицинских изображений могут быть загружены в формате JSON файла. Кроме того, стандартные изображения PNG могут генерироваться на лету из экземпляров DICOM по Ортханка.

Ортханк также имеет механизм плагинов для добавления новых модулей, который расширяет базовые возможности его REST API. Веб зритель, база данных PostgreSQL фоновых и эталонную реализацию DICOMweb настоящее время в свободном доступе в виде плагинов.

Источник

Установка бесплатного PACS-сервера ORTHANC на Ubuntu 20.04

Orthanc — бесплатный и свободно распространяемый PACS-сервер, используется для хранения и просмотра медицинских DICOM-снимков. Устанавливать его мы будем на «чистый» Ubuntu Server 20.04.

Подключаемся к серверу и обновляем репозитории:

Устанавливаем пакеты Orthanc`а.

root@pacs: # apt install orthanc orthanc-dicomweb orthanc-webviewer

Запускаем сервер и проверяем, слушает ли он порты. Порт 8042 — для web-интерфейса и порт 4242 — для интеграции с другими приложениями (в частности, для удалённой загрузки снимков, об этом — в конце заметки).

С этого момента сервер работает и доступен через браузер по адресу http://HOSTNAME_OR_IP:8042. Теперь создадим учетную запись пользователя и разрешим авторизацию на сервере, для этого откроем на редактирование конфигурационный файл orthanc.json.

Нас интересуют два параметра — RemoteAccessAllowed (меняем false на true) и RegisteredUsers (раскомментируем и задаём логины-пароли для авторизации).

После сохранения перезапустим сервер и залогинимся по адресу http://HOSTNAME_OR_IP:8042 под одной из созданных учёток.

Если всё сделано правильно, появится интерфейс Orthanc`а.

На этом этапе сервер полностью работоспособен — позволяет загружать снимки, проcматривать их в браузере и искать. Единственное неудобство — веб-интерфейс Orthanc`a при загрузке исследований не позволяет выбрать директорию целиком, только файлы изображений; это неудобно, если исследование имеет вложенные директории. Для удобства можно пользоваться двумя способами.

Автоматическая загрузка исследования скриптом

Orthanc предлагает несколько способов загрузки DICOM-изображений. Речь пойдёт про скрипт ImportDicomFiles.py. Для работы должен быть установлен Python3. Синтаксис запуска скрипта:

Нужно создать smb-шару и дать к ней доступ. В примере — доступ для всех без ограничений.

Исследование следует загрузить в созданную шару, затем выполнить команду:

Скрипт самостоятельно проверяет все директории в /import на предмет dicom-снимков, при нахождении — загружает их к себе. Чтобы не тратить место и не заниматься чисткой, предлагаю использовать модифицированный ImportDicomFiles_custom.py — он не проверяет директории, которые «моложе» 10 минут (на случай, если исследование большое и ещё копируется) и после загрузки dicom-снимков удаляет их (не директории).

Теперь можно создать bash-крипт idf.sh, который запустит скрипт импорта файлов, затем проверит, все ли директории в /import «старше» 60 минут и если да — удалит их.

Скрипт можно поместить в cron для выполнения каждые 10 минут:

Ручная загрузка исследования утилитой
Можно использовать утилиту PACS IW Migration Tool.

В конфигурации утилиты нужно указать адрес хоста с Orthanc и порт 4242.

После этого в основном интерфейсе программы нужно выбрать директорию, содержащую исследовани(е/я) и запустить отправку — утилита самостоятельно отберёт нужные файлы и загрузит их на PACS-сервер.

Источник